Фамилия Поганышев — редкая и с первого взгляда тревожная, но её значение не связано с бранью или чем-то грязным. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс принадлежности -ев». Основа — прозвище Поганыш, которое в старину имело нейтральный или даже бытовой смысл. В древнерусском языке слово «поганый» означало не «мерзкий», а «языческий», «нехристианский» (от латинского paganus — «сельский», «язычник»). Прозвище Поганыш могли дать человеку, который держался старых верований, не принял крещение, либо был выходцем из неславянских племён. Со временем слово сменило окраску, но фамилия сохранила архаичное значение.

Суффикс -ев указывает на патронимический способ образования: Поганышев — буквально «сын Поганыша». Фамилия могла закрепиться за потомками человека с таким прозвищем без дополнительных сословных маркеров. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где дольше сохранялись языческие пережитки. В переписных книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Поганой или Поганыш — это не было редкостью. В отличие от фамилий на -ин или -ский, Поганышев не указывает на дворянское происхождение: носители, скорее всего, были из крестьян или мещан.

Есть и вторая, менее вероятная версия: прозвище могло относиться к человеку, который жил в «поганой» избе — то есть нечистой, запущенной. Но ономасты склоняются к первому, «языческому» толкованию, поскольку в русской ономастике множество фамилий от слов с корнем поган- (Поганов, Поганин) и все они фиксируются в документах задолго до того, как слово приобрело ругательный оттенок. Фамилия Поганышев — не оскорбление, а свидетельство давнего культурного слоя, где «поганый» значило «другой», «не наш по вере».