Фамилия Полонецкий в первую очередь указывает на географическое происхождение своего первого носителя. В её основе лежит топоним — название населённого пункта. Скорее всего, это Полонное (ныне город в Хмельницкой области Украины) или Полонец (деревня в Беларуси, в Могилёвской области). Суффикс -цкий типичен для польской и западнорусской шляхетской традиции: он образовывал фамилии по названию поместья или места жительства. Таким образом, Полонецкий — это «тот, кто из Полонного» или «выходец из Полонца».

Версия с польским корнем (поляк, полонина) менее вероятна. Если бы фамилия происходила напрямую от слова «поляк», в русской среде она скорее получила бы суффикс -ов или -ин (Поляков, Поляковский). Форма на -цкий прочно привязана к конкретному месту, а не к этнической принадлежности. Интересно, что в старых документах встречается и вариант Полоницкий — с тем же значением, но через «и», что подтверждает связь с топонимом Полонное (исторически — Полоный, Полони).

Социальный контекст этой фамилии — шляхта или казацкая старшина. В Речи Посполитой фамилии на -цкий носили в основном дворяне, владевшие землёй. После разделов Польши такие фамилии перешли в русское дворянство или в однодворцы (особый слой бывших служилых людей). Встречаются Полонецкие в документах Волынской, Подольской и Минской губерний XIX века — это как раз зона, где расположены Полонное и Полонец.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень Полон- (от названия города или речки Полонка), суффикс -ец- (указывает на принадлежность к местности) и фамильный суффикс -кий. Двойной суффикс — редкая деталь: не «Полонский» (что тоже существует), а именно Полонецкий, где -ец- подчёркивает «выходца» из конкретного места. Такая форма встречается реже, поэтому носители фамилии могут с большей уверенностью связывать её с конкретным поселением, а не с размытым регионом.