Фамилия Помалина — редкий случай в русской ономастике, где прозвище образовано не от профессии или внешности, а от бытовой ситуации. Её основа — глагол «помалить» (уменьшить, убавить, сделать малым) или прилагательное «малый» с приставкой по-. В говорах «помалить» означало «приуменьшить», «сделать поскромнее», а в некоторых регионах — «покалечить» или «нанести ущерб». Человек, получивший такое прозвище, мог быть невысоким ростом, скромным в поведении или, наоборот, тем, кто постоянно «умалял» чужие заслуги.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Помалина — буквально «дочь или жена Помалина». Мужская форма Помалин встречается ещё реже, но модель образования стандартна для русских фамилий XVI–XVII веков. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу (Иван — Иванов), суффикс -ин закреплялся за основами на -а/-я (Помала — Помалин). Первоначально это было отчество: «чей сын?» — Помалин.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: единичные записи встречаются в переписных книгах Вологодчины и Костромской губернии. Там слово «помалить» бытовало в значении «сделать что-то небрежно, на скорую руку» — возможно, прозвище дали мастеру, который работал спустя рукава. В южных говорах этот глагол почти не употреблялся, поэтому фамилия осталась локальной.

Спорная версия связывает Помалину с диалектным «помала» — так в некоторых местах называли мелкую рыбу или малька. Тогда прозвище мог получить рыбак, промышлявший мелочью, или человек маленького роста (сравните с фамилией Малин, но от другого корня). Однако это менее вероятно: прилагательное «малый» в основе фамилии встречается чаще, чем редкое существительное.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с Помазов, Помазкин (от «помазать») и Помахов (от «помахать»), но если там ясна глагольная семантика, то в случае Помалиной корень «мал» даёт больше вариантов толкования. Самое простое и правдоподобное: предок был невысоким или его так дразнили за привычку всё преуменьшать.