Фамилия Помогайбин — один из тех редких случаев, когда происхождение лежит на поверхности, но требует небольшой лингвистической поправки. Вопреки интуиции, в её основе лежит не глагол «помогать» в чистом виде, а повелительное наклонение — «помогай». Такие фамилии, образованные от формы глагола во втором лице единственного числа, в русской ономастике называют «императивными» или «командирскими».

Вторая часть фамилии, «-бин», — это не что иное, как искажённый со временем суффикс принадлежности. Исходная модель выглядела так: Помогай + (о)бин, то есть «сын Помогая» или «человек из рода Помогая». Со временем безударный гласный «о» в суффиксе редуцировался, и фамилия закрепилась в форме Помогайбин, хотя в некоторых говорах можно встретить вариант Помогайобин, который как раз и выдает старую, более полную форму.

Само прозвище Помогай, от которого всё пошло, — типичное «мирское» имя, которое давали не при крещении, а в быту. В крестьянской среде такие имена-пожелания были распространены: Помогай, Пособи, Выручай. Имя должно было призвать удачу и поддержку для ребёнка или взрослого, который постоянно выручал соседей. В словаре древнерусских личных имён С. Б. Веселовского встречаются аналогичные прозвища, например, Помогай — крестьянин, зафиксированный в новгородских землях. Таким образом, предок Помогайбиных мог быть либо человеком с «говорящим» именем-оберегом, либо тем, кого в деревне прозвали за привычку приходить на помощь.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским территориям, а также к казачьим областям. Модель «глагол в повелительном наклонении + -ин» особенно характерна для фамилий украинского и донского происхождения (вспомните: Убийвовк, Непейпиво, Покиньборода). Помогайбин стоит в этом же ряду, но без экзотики — прозвище было добрым, а не охранительным или насмешливым. В метрических книгах XIX века Помогайбины встречаются в Воронежской губернии и на Кубани, что подтверждает южный след фамилии.