Фамилия Понер — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Её главная загадка в том, что она не вписывается ни в одну из массовых моделей русских фамилий. В ней нет типичных суффиксов -ов, -ев или -ин, указывающих на принадлежность отцу или хозяину. Это сразу наводит на мысль, что перед нами либо фамилия позднего происхождения, либо нерусская по корню, либо — что интереснее всего — искусственная, семинарская.

Самый вероятный путь — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке Poner (от глагола ponieren — «ставить, класть») могло быть прозвищем подёнщика или рабочего, занятого укладкой чего-либо. Однако чаще фамилия встречается у евреев Восточной Европы, где она могла возникнуть как вариант фамилии Понер (Poner) от идишского פּוינער — «житель местечка Поневеж» (ныне Паневежис в Литве). Такую фамилию при переписях давали выходцам из этого города или его окрестностей. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ер без дополнительных суффиксов характерны именно для еврейского ономастикона (ср. Кантор, Лейзер, Шустер).

Менее вероятная, но не исключённая версия — польская. В польском языке есть слово ponury — «мрачный, угрюмый». Фамилия Понер могла возникнуть как усечённая форма от Понура или Понырка — прозвища нелюдимого, замкнутого человека. Однако переход от «у» к «е» в корне нетипичен, поэтому эта гипотеза слабее.

Третья версия — искусственная. В XIX веке в духовных семинариях студентам нередко давали фамилии по названиям церковных праздников, латинским или греческим словам. Poner — латинский глагол «класть, помещать», но в качестве семинарской фамилии он почти не зафиксирован. Скорее это случайное совпадение.

География фамилии сегодня размыта. В России Понеры встречаются единично, чаще — на юге и в центральных областях, но без выраженного ареала. В Беларуси и на Украине, особенно в бывших черте оседлости, фамилия попадается чаще, что косвенно подтверждает еврейскую версию.

Если подвести итог: с высокой долей вероятности Понер — топонимическая фамилия, указывающая на предка из литовского города Паневежис. Она пришла в русскую среду через еврейское население западных губерний. Другие версии (от немецкого ремесла или польского характера) возможны, но менее обоснованы.