Фамилия Поняхин ведёт происхождение от прозвища или мирского имени Поняха. Основа здесь — не очевидный корень, а уменьшительная форма, что сразу указывает на бытовой, неофициальный характер имени, от которого пошла фамилия. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от слов женского рода или от личных имён с окончанием на -а/-я: Поняха — Поняхин, буквально «сын Пони».

Что скрывается за Поняхой? Скорее всего, это народная форма крестильного имени Понтий (греч. «морской») или, реже, Панфил («всеми любимый»). В русской деревне длинные имена редко приживались в полном виде, их укорачивали до Поня, Поняша, Поняха. Вторая версия, более прозаичная, связывает основу с диалектным глаголом «понять» или существительным «поняга» — так в некоторых говорах называли котомку, заплечный мешок. Прозвище Поняха могли дать человеку, который постоянно что-то носил за плечами, или, в переносном смысле, тому, кто «всё понимает» — сметливому, догадливому.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южнорусским областям. Встречается в Воронежской, Курской, Ростовской областях, единичные записи есть в Сибири, куда фамилию могли вывезти переселенцы в XIX—XX веках. По сословной принадлежности Поняхины — почти наверняка крестьяне или мещане: фамилии на -ин от уменьшительных имён редко носили дворяне (за исключением случаев, когда род был очень древним, но здесь это маловероятно).

Интересная деталь: фамилия Поняхин стоит в одном ряду с однокоренными Поняев, Понякин, Поняков — все они образованы от разных вариантов того же корня. Разница лишь в том, какой суффикс или окончание закрепилось в конкретной местности. Если ваш предок звался Поняхой, он был для окружающих «своим», простым человеком, чьё имя сократили до домашнего, а потом оно стало родовым.