Фамилия Проняхина — женская форма фамилии Проняхин, и её происхождение стоит рассматривать в мужском варианте. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Проняха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Проняхин, то есть потомок человека по прозвищу Проняха.

В русской ономастике имя Проня — давняя и широко распространённая уменьшительная форма от канонических имён Прокопий, Прокл, Прохор, Протасий, а также от более редкого Прокул. Форма Проняха — это уже экспрессивный, даже фамильярный вариант, с суффиксом -ах(а), который в говорах придавал имени оттенок грубоватой ласки или, наоборот, пренебрежения. Такие формы (Степаха, Миняха, Ваняха) были типичны для северных и центральных областей России, особенно в крестьянской среде XVII–XVIII веков.

Вероятнее всего, носитель первого прозвища Проняха был либо человеком с одним из этих имён в обиходе, либо получил прозвище по какому-то характерному действию или черте, связанной с корнем «прон-» (например, «пронзать», «проныра»). Вторая версия менее правдоподобна: глагольные прозвища обычно образуются с другими суффиксами, а здесь явно видна модель от имени.

Фамилия фиксируется в документах с XVIII века, в основном в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниях, что подтверждает её «низовое» крестьянское происхождение. Встречается и вариант Пронягин — с другим суффиксом, но от той же основы. Таким образом, предки современных Проняхиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, чей родоначальник в быту звался Проняхой, то есть был Прокопием, Прохором или Протасием, но в семье его называли неофициально, по-свойски.