Фамилия Понякин образована от прозвища или нецерковного имени Поняка. Основа здесь — глагол «понять» в его старом, более широком значении «взять, схватить, усвоить». Понякой на Руси могли назвать человека понятливого, сообразительного, быстро схватывающего суть дела. Но есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых говорах «поняка» означало «взяточник» или «корыстный человек» — того, кто норовит «понять» (прибрать к рукам) чужое добро. Какая из версий верна для конкретного предка, сейчас уже не установить, но обе имеют право на существование.

По словообразовательной модели Понякин — типичная русская фамилия на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Понякин, то есть сын или потомок Поняки. Такая модель характерна для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы увидели суффикс -ов (Поняков), но здесь именно -ин, что сразу выдаёт происхождение от личного прозвища с гласным окончанием.

Фамилия редкая, нечастотная. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании. Возможно, корни Понякиных — в северных или центральных губерниях России, где говоры сохраняли слово «поняка» в значении «сметливый человек». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как типичные для прозвищного происхождения, но сам Понякин там не упомянут — фамилия находится на периферии ономастического поля.

Стоит обратить внимание на ударение. В большинстве случаев фамилию произносят с ударением на второй слог: Поня́кин. Однако в некоторых семьях, особенно из южнорусских регионов, может сохраняться ударение на первый слог: По́някин. Это не ошибка, а диалектная особенность, которая могла закрепиться ещё в XVIII–XIX веках, когда фамилии фиксировались писарями на слух.

Таким образом, Понякин — фамилия-загадка с двумя возможными смыслами: либо «сын понятливого человека», либо «потомок того, кто не прочь поживиться». В любом случае, она несёт отпечаток народной наблюдательности и живого русского языка, где одно слово могло вмещать и похвалу, и насмешку.