Фамилия Понякшева — редкий случай, когда основа слова почти не поддаётся однозначному толкованию, зато суффикс сразу выдаёт географию. Формант -ев (а не -ов) указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил на территории, где в ходу был «екающий» говор: северные и северо-западные области России, Поволжье. Если бы фамилия звучала как Понякшов, можно было бы думать о южных или восточных корнях.

Самая прямая версия происхождения — от прозвища Понякша. В русских диалектах «понякша» или «понякший» — человек вялый, понурый, с опущенной головой. Глагол «понякнуть» означает «приуныть, сникнуть, поникнуть». Прозвище могли дать медлительному, задумчивому или нерешительному человеку. В этом случае фамилия образована по той же модели, что и Унылов, Хмуров, Понуров.

Вторая, менее очевидная версия отсылает к финно-угорскому субстрату. В коми-пермяцком и удмуртском языках есть корень «пон» — собака. «Поняк» могло быть прозвищем со значением «собачий», «собаковод» или даже тотемным именем. Суффикс -ш- в таком случае — адаптация тюркского или финно-угорского суффикса под русскую речь. Вариант спорный, но полностью отбрасывать его нельзя: фамилии на -якшев (Понякшев, Корякшев, Сюнякшев) встречаются в зоне контакта славян с волжскими финнами.

Третья версия — от имени Поняк, которое могло быть производной формой от Панкратий или Понтий. В народе Панкратия нередко звали Паня, Панюта, Паняша. Форма Поняк — редкая, но возможная, с заменой гласной под влиянием акающего произношения. Тогда фамилия означает «сын Поняка», то есть потомок человека с таким именем.

Что касается сословной принадлежности, то фамилия с таким суффиксом характерна для крестьянской и мещанской среды, а не для дворянства. Встречается она в основном в двух регионах: в Нижегородской области (возможно, влияние марийского и чувашского окружения) и в Вологодской области (северорусские говоры). Точных данных о знаменитых носителях фамилии нет — это редкая фамилия, скорее всего, с локальным бытованием.