Фамилия Понякшев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с диалектным глаголом, а не с церковным именем. Корень здесь — «поняк-», восходящий к северным и уральским говорам, где «понякать» означало «понукать, торопить, подгонять». Соответственно, Понякша — это человек, который постоянно погонял лошадей: возница, ямщик, либо просто торопливый и нетерпеливый в работе мужик. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Понякшев, то есть сын или потомок Понякши.

Модель образования типична для русских фамилий на -ев, но сама основа неочевидна. В отличие от фамилий от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь мы имеем дело с прозвищем от действия. Прямых параллелей с другими славянскими языками нет: в польском или украинском «понякати» не зафиксировано в таком значении, что подтверждает узко локальное происхождение — скорее всего, север Великороссии или Приуралье.

Географически фамилия действительно привязана к этим регионам. По данным переписей и метрических книг XIX века, Понякшевы компактно жили в Вологодской, Вятской и Пермской губерниях — то есть в зоне активного ямского промысла и крестьянского извоза. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о том, что родоначальников было немного, и фамилия не размножилась за счёт случайных однофамильцев.

Интересная деталь: в некоторых говорах «понякать» имело и второй оттенок — «мямлить, говорить невнятно, бормотать». Если прозвище дали не за скорость, а за манеру речи, то Понякшей могли назвать неразговорчивого или косноязычного человека. Однако первая версия — с понуканием — выглядит убедительнее, потому что в крестьянской среде прозвища чаще связывали с занятием, чем с речевым недостатком.

Сословно Понякшевы — почти поголовно крестьяне и государственные, реже — ямщики по статусу. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия не исчезла, но осталась редкой: по открытым базам данных, сейчас носителей — не более нескольких сотен человек в России, преимущественно в Кировской области и Пермском крае.