Фамилия Понякшина — женская форма фамилии Понякшин, и её разбор стоит начать с суффикса, который много говорит о происхождении. Формант -ин указывает на принадлежность: в основе лежит личное имя или прозвище, и фамилия буквально означает «чей?» — «сын Понякши» или «внук Понякши». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Корень фамилии — Понякш- — восходит к прозвищу Понякша. Его происхождение неочевидно, и здесь есть две основные версии. Первая: прозвище связано с диалектным глаголом «понякать» или «понякнуть», что в некоторых говорах означало «понукать», «подгонять», «заставлять сделать что-то». В этом случае Понякша мог быть человеком, который постоянно понукал других, или, напротив, тем, кого понукали. Вторая версия, более житейская: прозвище могли дать по поведению — от слова «някшаться» (общаться, знаться) с приставкой по-. Тогда Понякша — это тот, кто легко сходился с людьми, «понякшался» со всеми.

Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это указывает на возможное происхождение из среды черносошных крестьян или посадских людей, а не дворянства. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или ремесленной среды.

Интересная деталь, которая отличает эту фамилию от похожих: в ней сохранился древний суффикс -ш- в прозвищной основе. Такие формы, как Понякша, часто образовывались от глагольных корней с помощью суффикса -ш-, который придавал прозвищу оттенок действия или свойства (сравните с фамилиями типа Булгаков от «булгачить»). В целом, Понякшины — это потомки человека, которого в старину прозвали за манеру понукать или за общительный нрав, и фамилия эта крепко держится в северо-восточных русских землях.