Фамилия восходит к прилагательному «понурый». Это слово легло в основу прозвища Поныра. Скорее всего, так могли называть неприветливого, угрюмого, печального или сурового человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Поныра, со временем получил фамилию Понырко.