Фамилия Попенов ведет свое начало от прозвища Попен (или Попёнок), которое, вероятно, происходит от нарицательного «поп». Первоначально фамилия Попенов означала: 1) отчество – «сын священника»; 2) отчество – «сын Попа», от прозвища Поп; 3) работник у попа - Попов работник. Кроме того, Попен могло быть не только прозвищем, но и мирским именем. Подобные именования были весьма распространены. Религиозные родители охотно нарекали своих детей именами с основой «поп». Фамилии с корнем «поп» довольно древние. Веселовского упоминается Поп Федор Иванович Сверчков Сабуров, первая половина XVI в. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Попен, со временем получил фамилию Попенов. Фамилия Попёнов образована от прозвища Попён, которое восходит к аналогичному нарицательному — так в некоторых говорах называют малолетнего ребенка попа. Согласно другой версии, прозвище Попён происходит от глагола «попенять», имеющему значение «посетовать, гневаться, покорить за что-либо, упрекать». В этом случае так могли прозвать либо обидчивого, либо придирчивого человека, острого на язык. Кроме того, Попёном могли прозвать и того, кто любил критиковать окружающих людей, ворчуна. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Попён, со временем получил фамилию Попёнов.