Фамилия Попенин — редкий случай, когда за основу взяли не профессию или личное качество, а, скорее всего, социальный статус или семейное положение. Корень здесь — «поп», но не в значении «священник», а в значении «поповский», «относящийся к попу». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — «попенин». Иными словами, Попенин — это сын попа, то есть человек из семьи священнослужителя.

Интересно, что фамилия образована не от прямого слова «поп», а от притяжательной формы «попенин» — «поповский». Такая модель встречается реже, чем стандартное «Попов» или «Попкин». Если «Попов» — это просто «чей-то поп», то «Попенин» буквально означает «сын попа» или «ребёнок попа». В некоторых говорах слово «попеня» могло означать «попёнок», «мальчик-попович», то есть не просто потомок, а именно ребёнок, подросток из поповской семьи.

Версия, что фамилия произошла от прозвища «Попеня» (уменьшительное от «поп»), тоже имеет право на существование. Прозвище могли дать не самому священнику, а его сыну или слуге, который постоянно вертелся при церкви. В русских деревнях «попеней» иногда в шутку называли бойкого, грамотного мальчика, который помогал при службе.

Географически фамилия не привязана к одному региону, но встречается в основном в центральных и северных областях России, где было много сельских приходов. В отличие от массовой фамилии «Попов», «Попенин» сохранил более узкое, семейное значение и не распространился так широко. Это типичная русская фамилия, возникшая не позднее XVII века, когда детей священников начали записывать по отцу с указанием сословной принадлежности.