Фамилия Поперёков происходит от прозвища Поперёкий, а то, в свою очередь, — от наречия «поперёк». Смысл прозвища, скорее всего, связан с характером: так могли назвать упрямца, который всегда делал по-своему, наперекор обычаю, или заядлого спорщика, привыкшего перечить. Модель образования здесь типична для русских фамилий: усечённое прозвище на -ий превратилось в основу, к которой добавили патронимический суффикс -ов, и потомки человека по прозвищу Поперёкий стали Поперёковыми.

Впрочем, версия о строптивом нраве — не единственная. Прозвище могло закрепиться и по месту жительства: дом предка, стоявший поперёк улицы или переулка, бросался в глаза соседям, и хозяина начинали звать Поперёким. Эта гипотеза выглядит вполне правдоподобной: в русских деревнях прозвища по расположению избы или двора встречались часто. Менее вероятно, но возможно, что прозвище имело отношение к занятиям — например, к рубке леса поперёк ствола, однако убедительных подтверждений этому нет, и версия о характере остаётся основной.

Фамилия эта относительно редкая и несёт явный отпечаток северорусских или сибирских говоров, где слово «поперёк» в прозвищах употреблялось охотнее, чем в южных регионах. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются в основном среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ, а не от церковных имён.