Фамилия Попилина — женская форма фамилии Попилин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, а он не так прост, как кажется.

Основа фамилии — «поп». Казалось бы, всё ясно: предок был сыном священника (попович) или сам служил в церкви. Но суффикс «-ин» здесь указывает на принадлежность: «чей?» — «попин». То есть Попилин — это не «сын попа» (для этого есть фамилии Попов, Попович), а скорее «человек, относящийся к попу»: например, работник при церкви, служка или даже крепостной, принадлежавший священнику. В русской ономастике модель на «-ин» часто обозначала не прямое родство, а подчинённое положение или свойство.

Вторая версия, более прозаичная, — фонетическое изменение. В некоторых говорах фамилию Попов могли произносить с ударением на первый слог и редуцированным вторым: «Попов» → «Попин» (через аканье). А «Попилин» — уже дальнейшее образование от «Попин» с помощью патронимического суффикса «-ил-» (как в фамилиях Козин → Козилин). Эта цепочка сложнее, но правдоподобна для регионов, где аканье было сильным.

Редкость фамилии — в её суффиксе. Массовые фамилии на «-ин» от слова «поп» — это Попин, Попов. А «Попилин» встречается реже, что может указывать на локальное происхождение, возможно, из северных или центральных губерний России, где сохранялись архаичные словообразовательные модели. В словарях фамилия не фиксируется как широко распространённая, что говорит о её узком ареале.

Социальный контекст: носители фамилии Попилин вряд ли принадлежали к высшему духовенству. Скорее, это были люди из церковной среды, но на низших ступенях — пономари, дьячки или крестьяне, приписанные к церковному хозяйству. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из народной толщи, где прозвища и профессии закреплялись за родом на века.