Фамилия Попушкова — женская форма фамилии Попушков. Её основа, «Попушк-», сразу указывает на связь с церковной средой, но не напрямую, а через уменьшительную или пренебрежительную форму. В русских говорах «попушка» — это либо ласковое, либо, наоборот, ироничное обращение к попу (священнику). Реже так могли называть сына попа или человека, который прислуживал в церкви, но не имел сана. Таким образом, прозвище Попушка давали либо самому священнику невысокого роста или с мягким характером, либо его родственнику, либо тому, кто постоянно тёрся при церкви.

С точки зрения словообразования, фамилия сформировалась по стандартной модели: прозвище на -а (Попушка) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Вопрос, почему не «Попушкин»? Если бы основой было имя или прозвище на мягкий согласный («Попушка» — твёрдое окончание), логичнее выглядел бы суффикс -ин. Однако в русской ономастике встречаются вариации: фамилии на -ов от основ на -а не редкость, особенно если прозвище воспринималось как мужское и склонялось по типу существительных мужского рода (Попушко, как «дедушко»). В таком случае Попушков — это «чей?» — сын Попушки (в значении «Попушко»). Фамилия Попушкова, соответственно, принадлежит женщине из этого рода.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где суффикс -ушк- в прозвищах встречается чаще, чем на севере. Встречается она и в Белоруссии. В дореволюционных метрических книгах Попушковы фиксировались преимущественно в среде крестьян и мещан, что неудивительно: прозвище, даже связанное с духовенством, могло закрепиться за светским человеком, например, за работником на поповском дворе или за сыном дьячка.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «попушка» означало не человека, а птицу — так называли синицу или поползня из-за их повадок. Если прозвище дали по птице, то это редкая версия, но она объясняет, почему фамилия не стала массовой. Однако более вероятна всё же «церковная» версия, поскольку в русской антропонимии прозвища от «поп» и его производных — одни из самых частых (Попов, Попков, Попович), и Попушков — лишь одна из вариаций этого гнезда.