Фамилия Пойдун — редкий случай, когда в основе лежит глагол в форме первого лица будущего времени. «Пойду» + суффикс -ун, который в русском языке обычно образует названия лиц по характерному действию: бегун, крикун, ворчун. Пойдун — тот, кто постоянно собирается идти, находится в движении, не сидит на месте. В говорах это слово закреплялось за непоседой, бродягой или человеком, который любит уходить внезапно, не предупредив.

Модель образования нестандартная. Фамилии от глагольных основ в русском языке встречаются, но чаще от повелительного наклонения (Тянигуз, Держиморда) или от прошедшего времени (Был, Жил). Форма «пойду» — это будущее время, что делает фамилию почти уникальной. Похожий пример — фамилия Пойдём, но она гораздо реже и тоже фиксирует момент действия.

Географически фамилия Пойдун почти не встречается в центральных областях. Основной ареал — юг России и Украина, где суффикс -ун особенно продуктивен. В украинском языке «пойдун» могло быть прозвищем для человека, который постоянно отлучается, уходит по делам, или для того, кого трудно застать дома. В казачьей среде такое прозвище могло закрепиться за гулякой или охотником до дальних походов.

Версия о происхождении от имени Пойда (уменьшительное от Полиевкт или Ипполит) маловероятна: суффикс -ун чётко указывает на прозвищную, а не на крестильную основу. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской и мещанской среды, где прозвище давали по заметной черте поведения.

Встречаются варианты написания Пойдун, Пайдун (под влиянием акающего произношения) и Пойдунов — более русифицированная форма с типичным суффиксом -ов. Последняя встречается чаще, что говорит о попытке «причесать» фамилию под общерусский стандарт в XIX веке.