Фамилия Пойденко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей Малороссии, а затем и за её пределами. Суффикс -енко изначально означал «маленький, сын того, кто назван в основе». То есть Пойденко — это буквально «сын Пойды» или «маленький Пойда». Основа же прозрачна, но неоднозначна: в ней слышится глагол «пойти» или существительное «пойда».

Самое правдоподобное объяснение — прозвище Пойда, которое давали человеку, который постоянно куда-то ходит, находится в движении. В южнорусских и украинских говорах «пойда» могло означать «ходок, непоседа» или, наоборот, «попутчик, спутник». В некоторых диалектах «пойда» — это «пастух» (тот, кто ходит со стадом). Встречается и значение «бродяга», но вряд ли оно было основным для целого рода — скорее, закрепилось за человеком подвижным, деятельным, может быть, торговцем или гонцом.

Есть и более редкая версия: связь с личным именем Пойда, которое могло быть производной формой от крестильного имени Ипполит (в народной речи — Полит, Пойда) или от славянского имени Пойдан (от «пойти» в значении «начать путь»). Но эта гипотеза слабее, так как документальных подтверждений такого имени в массовых источниках почти нет.

Географически фамилия Пойденко чаще всего встречается на востоке Украины (Сумская, Полтавская, Харьковская области) и в прилегающих регионах России (Белгородская, Курская, Воронежская области). Это объясняется тем, что в XVIII–XIX веках носители фамилии активно участвовали в заселении Слобожанщины. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали в великорусских землях, Пойденко сохранила типично украинский суффикс, хотя и русифицировалась в написании (в старых документах встречаются варианты Пойденков, Пойдин).

Социальный состав носителей был разнообразен: от казаков и мещан до крестьян. В ревизских сказках XIX века Пойденки часто записаны как государственные крестьяне или казаки, что говорит об отсутствии крепостной зависимости у большинства. Аристократических корней у фамилии нет — это фамилия простого люда, где прозвище отражало не сословие, а характер или занятие предка.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в русском языке оно почти всегда падает на второй слог (Пойде́нко), хотя в украинской традиции возможен вариант с ударением на первый (По́йденко). Это не ошибка, а диалектная особенность, которую можно встретить в старых метрических книгах.