Фамилия Пожалустин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а глагольная форма, почти застывшая в повелительном наклонении. Корень здесь — «пожалуйста», но не в современном вежливом значении, а в древнерусском смысле «пожалуй», то есть «окажи милость», «сделай одолжение». Это не просьба, а прозвище: Пожалустой или Пожалуйста могли дать человеку, который часто вставлял это слово в речь — либо из вежливости, либо с оттенком угодливости и просительности.

Образование фамилии идёт через суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Пожалустин, то есть сын или потомок Пожалусты (разговорная форма от «пожалуйста»). Модель нетипична: обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Петин, Костин), но здесь мы видим усечение окончания -а и добавление суффикса. В говорах слово «пожалуста» могло звучать как «пожалуста» или «пажалуста», отсюда и написание с одной «л» в корне — это не ошибка, а диалектная черта.

С точки зрения социальной истории, Пожалустины — скорее всего, крестьянский или мещанский род. Фамилии, образованные от прозвищ по речевым особенностям, обычно возникали в среде, где люди были на виду у соседей: в деревне, в ремесленной слободе, в приходе. Человек, которого за глаза называли Пожалустой, мог быть либо приветливым и услужливым, либо, наоборот, надоедливым просителем — прозвище часто фиксировало яркую, но не обязательно положительную черту.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральных губерниях. Основные очаги — северо-восток: Вологодская, Архангельская области, отчасти Вятка. В этих краях диалектное «пожалуста» сохранялось дольше, и прозвища на -уста, -устой были более живучими. В XIX веке Пожалустины — это чаще всего государственные крестьяне, реже — купцы третьей гильдии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пожарский, Пожаров — показывает разницу: там основа связана с пожаром (огонь), а здесь — с речью. Пожалустин стоит в ряду таких «говорящих» фамилий, как Спасибов, Здравствуйкин, Благодаров, но отличается тем, что его корень — не существительное, а глагольное междометие, что делает словообразовательную модель особенно редкой.