Фамилия Пожиганов — один из тех редких случаев, когда прозвище прямо говорит о занятии предка. В её основе лежит глагол «пожигать» (пожечь, сжечь). В старину так могли назвать человека, чья работа была связана с огнём: например, выжигальщика леса под пашню, мастера по обжигу глины или угольщика. В северных и центральных губерниях России подсечное земледелие — вырубка и сжигание леса для удобрения золой — было обычным делом, и прозвище Пожиган (или Пожига) мог получить крестьянин, который этим занимался.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Пожиганов — «сын Пожигана». Такая форма закрепилась в XVI–XVII веках, когда фамилии в основном давали по отцу. Интересно, что корень «жиг» встречается и в других фамилиях (Жиганов, Жигалов, Пожигайлов), но Пожиганов выделяется приставкой «по-», которая в данном случае придаёт глаголу значение завершённого или интенсивного действия — «сжигатель».

Версия о происхождении от имени Пожиган (уменьшительное от канонического Евсевий или Игнатий) маловероятна: в святцах нет подобных форм, а прозвищная основа «жиг-» слишком прозрачна, чтобы её не замечать. Географически фамилия тяготеет к югу России — встречается в воронежских, тамбовских и саратовских записях, что совпадает с зонами активного подсечного земледелия в XVII–XVIII веках. Писцовые книги фиксируют крестьян с прозвищем Пожиган, но документальных подтверждений дворянского происхождения Пожигановых нет — это однозначно крестьянская или посадская фамилия, возникшая в среде, где труд с огнём был повседневностью.