Фамилия Пристенко образована по распространённой в восточнославянских землях модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике указывал на происхождение от отца или предка: буквально «сын Присты» или «потомок того, кого звали Приста». Суффикс -енко характерен для Левобережной Украины, Полтавщины, Черниговщины, Слобожанщины, где фамилии такой формы массово закрепились в XVI–XVII веках. Поэтому географически фамилия Пристенко, скорее всего, родом из этих регионов.

Основа «Прист-» вызывает несколько версий. Самая прямая и правдоподобная — от прозвища Приста, которое могло быть связано с глаголом «пристать» в значении «пристать к берегу» (о лодке, судне) или «пристать к кому-то» (присоединиться, примкнуть). В первом случае предок мог быть лодочником, перевозчиком или жить у пристани. Во втором — прозвище могло закрепиться за пришлым человеком, «приставшим» к чужой общине. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «приста» — так в некоторых говорах называли придирчивого, навязчивого человека, того, кто «пристаёт» с разговорами или просьбами.

Версия о происхождении от топонима — названия населённого пункта вроде Пристань или Пристень — тоже имеет право на существование, но в этом случае фамилия звучала бы как Пристанский или Пристенский. Форма на -енко указывает именно на личное прозвище или имя, а не на географическое название.

В украинской традиции фамилии на -енко долгое время не были признаком знатного рода. Их носили казаки, крестьяне, мещане — это была массовая модель, показывавшая родство, а не сословную принадлежность. Потому предки современных Пристенко с высокой вероятностью были казаками или сельскими жителями, а сама фамилия фиксирует не профессию, а прозвище конкретного человека, от которого пошёл род.