Фамилия Прохонюк — один из ярких примеров западноукраинской модели образования фамилий. Её основа — личное имя Прохон, которое представляет собой народную, разговорную форму канонического имени Прохор. В украинском языке имя Прохор в бытовой речи нередко сокращалось или видоизменялось: Прохон, Прохно, Прохун. Суффикс -юк (фонетический вариант -ук) типичен для Волыни, Полесья и Подолья: он указывал на «малого», «сына» или «потомка» человека по имени Прохон. То есть Прохонюк буквально — «сын Прохона», а в более широком смысле — «младший из рода Прохонов».

Интересно, что имя Прохор в народе часто переосмысливалось. В греческом оригинале оно означает «предводитель хора», но в славянской среде его сближали с глаголом «прохать» (просить). Отсюда могла возникнуть и шутливая прозвищная форма Прохон для человека, который часто о чём-то просит или хлопочет. Однако в случае с фамилией Прохонюк более вероятна именно патронимическая природа: предка звали Прохоном (как вариант Прохора), и его дети стали Прохонюками.

Географически фамилия привязана к западным областям Украины — прежде всего к Ровенской, Волынской, Житомирской и Хмельницкой областям. Встречается она и в соседней Беларуси, особенно в брестских краях, что объясняется историческими миграциями и общностью диалектных зон. Если искать однокоренные параллели, то стоит назвать фамилии Прохоров (русская, на -ов), Прохоренко (украинская, на -енко) и Прохончук — последняя образована от той же основы, но с другим суффиксом.

Сословная принадлежность Прохонюков, скорее всего, была крестьянской или казацкой. Фамилия не несёт следов дворянского или шляхетского происхождения — суффикс -юк в малороссийской среде был маркером простого люда. В метрических книгах XIX века носителей фамилии записывали как «государственных крестьян» или «мещан», что подтверждает её народные корни.

Правописание фамилии устойчиво: Прохонюк, без вариантов вроде Прохонюк или Проханюк, хотя в старых документах могла встречаться запись через «и» (Прохонюк) или с двойным «н» (Прохоннюк) — но это скорее ошибки писарей. Сегодня фамилия сохраняет свою узнаваемую форму и ясную этимологию, уводящую к имени Прохор, которое, в свою очередь, пришло на Русь вместе с христианством.