Фамилия Прохончуков — редкий случай, когда суффикс «-ов» присоединён к основе, которая сама по себе уже является фамилией. Перед нами типичная модель «вторичной» русской фамилии: от украинской или белорусской фамилии на «-чук» (Прохончук) с помощью русского патронимического суффикса «-ов» образовали форму, отвечающую на вопрос «чей?» — «сын Прохончука». То есть предок носителя этой фамилии, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины или юга Беларуси, где фамилии на «-чук» (указывающие на сына или ученика) чрезвычайно распространены. Переселившись в великорусские губернии, его потомки русифицировали фамилию, добавив окончание «-ов», чтобы она звучала привычно для местного уха.

Основа «Прохон-» восходит к крестильному имени Прокофий (от греческого «преуспевающий»). В народной речи имя претерпело множество изменений: Прохор, Прошка, Проня, а также Прохоня — диалектная форма, зафиксированная в южнорусских и украинских говорах. Суффикс «-он» (как в именах Макар — Макарий, Сазон — Созонт) указывает на усечение полной церковной формы. Таким образом, Прохончук — это «сын Прохони» (Прокофия), а Прохончуков — «сын Прохончука».

Интересна и география бытования. Судя по архивным данным, фамилия Прохончуков встречается в основном в двух регионах: в Ставропольском крае и в Ростовской области. Это не случайно. Именно на юг России в XVIII–XIX веках активно переселялись крестьяне из Малороссии, ища свободные земли. Там и оседали Прохончуки, постепенно обрастая «-овым» окончанием. Встречаются также единичные записи в Воронежской и Курской областях — на стыке великорусского и украинского языковых массивов.

Сословно носители фамилии не были дворянами. В ревизских сказках XIX века Прохончуковы значатся государственными крестьянами или однодворцами. Последние — особое сословие, потомки служилых людей, охранявших южные рубежи России. Если ваш предок был однодворцем, то Прохончуков — фамилия не крепостная, а свободного земледельца, что уже само по себе говорит о многом.