Фамилия Прокопий — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а полная форма крестильного имени, которая не превратилась в привычное отчество с суффиксом. В русской традиции подавляющее большинство фамилий образуется по модели «имя + -ов/-ев» или «имя + -ин»: Иванов, Петров, Ильин. Прокопий — исключение: фамилия совпадает с самим каноническим именем Прокопий (от греческого «прокопэ» — успех, преуспевание). Это говорит о том, что фамилию могли дать либо в среде, где церковные имена ещё не обросли типичными русскими суффиксами (например, у духовенства), либо в иноязычной среде, где имя осталось без изменений.

Наиболее вероятная версия происхождения — южнославянские или румынские корни. В Болгарии, Сербии и Молдавии фамилии, совпадающие с личными именами, встречаются гораздо чаще, чем в Великороссии. Носитель фамилии Прокопий мог быть выходцем из этих регионов, переселившимся в Российскую империю, или потомком греческого священника, чью фамилию записали по имени. В русских документах XVIII–XIX веков фамилия могла закрепиться за однодворцами или казаками южных губерний, где влияние балканских переселенцев было сильным.

Словообразовательная модель здесь минималистична: нулевой суффикс, основа — имя. Это сближает фамилию с такими же «именными» фамилиями вроде Лазарь, Савва, Фома. Однако в отличие от них, Прокопий не усекался и не адаптировался: форма имени сохранилась полностью, что редкость. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Прокопьев, Прокопенко, Прокопчук, — то Прокопий стоит особняком: все остальные образованы от производной формы Прокоп, а здесь — полное церковное имя.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современной России она фиксируется в основном в Краснодарском крае и Ростовской области, что косвенно подтверждает гипотезу о переселенцах с юга. Известных носителей с такой фамилией в истории практически нет — это «тихая» фамилия, не попавшая в дворянские родословные книги или купеческие гильдии. Вероятнее всего, предки были крестьянами или мещанами, чью фамилию записали по имени отца без изменений в церковной метрике.