Фамилия Прончина образована от мужского имени или прозвища Пронча, Пронка, Проня. В русском языке это краткие формы от канонического имени Прокопий (в просторечии — Прокофий). Такие усечённые варианты с суффиксом -к- и -ч- были характерны для бытового обихода: Проня, Пронка, Пронча — так могли звать Прокофия в семье или в деревне. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Прончин, то есть сын или потомок Прончи. Женская форма Прончина — это либо жена Прончина, либо дочь, но в современном понимании это вариант фамилии, закреплённый за женщинами.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с топонимом Пронск (город в Рязанской области). В таком случае фамилия могла указывать на выходца из этих мест: житель Пронска — прончанин, прончик, отсюда прозвище Пронча. Однако для фамилии с суффиксом -ин типичнее отчество, а не географическое указание: для «пронского» жителя логичнее было бы образование Пронский или Пронсков.

По суффиксу фамилия относится к древнейшему и самому распространённому типу русских фамилий — «патронимическому», то есть образованному от имени отца. Такие фамилии на -ин складывались в основном в северных и центральных областях России, в среде крестьян и посадских людей. Прончины могли быть крестьянами, ремесленниками или мещанами — фамилия не указывает на дворянское происхождение, но и не исключает его полностью: в истории встречаются и служилые люди с такой фамилией.

Однокоренные фамилии — Пронин, Пронкин, Прончатов — все они восходят к тому же корню Прон- от Прокопия. Разница только в том, какая именно уменьшительная форма легла в основу. Прончина — одна из самых редких среди них, что делает её любопытным вариантом: если Пронины встречаются повсеместно, то Прончина — более локальная, «камерная» фамилия, которая могла закрепиться в одном роду или в одной местности.