Фамилия Прончихин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, образованное от глагола с яркой экспрессивной окраской. В её структуре сразу бросается в глаза суффикс -их-, характерный для северных и сибирских говоров (сравните: Глухих, Бобылёв — но здесь форма притяжательного прилагательного, застывшая в родительном падеже множественного числа). Однако в фамилии Прончихин этот суффикс слился с основой необычным способом: слово образовано от прозвища Прончиха, которое, в свою очередь, пошло от глагола «прончить» — то есть проказничать, озорничать, делать что-то несерьёзное или назло. В словаре В. И. Даля «прончить» значит «проделки строить, проказить», а «прончивый» — озорной, шаловливый. Таким образом, Прончиха — это женщина с бойким, непоседливым характером, а фамилия Прончихин буквально означает «сын Прончихи». Модель образования редкая: обычно от женских прозвищ на -иха образовывали фамилии с суффиксом -ин (например, Кузьмиха → Кузьмин), но здесь суффикс -их- сохранился в полной форме, что характерно для северных территорий, особенно для Архангельской и Вологодской губерний.

География фамилии подтверждает эту версию. Прончихины — старый поморский род, известный с XVII века. Самый знаменитый носитель — Семён Иванович Прончихин, полярный исследователь, участник Великой Северной экспедиции, в честь которого назван берег в море Лаптевых. Он происходил из дворян Калужской губернии, но его корни, судя по фамилии, уходят на север. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Устюжском и Сольвычегодском уездах — как раз в зоне бытования суффикса -их.

Есть и альтернативная, но маловероятная гипотеза: от имени Пронча (уменьшительное от Прокопий или Прохор) с суффиксом -ихин. Однако против этого говорит то, что от имён на -а обычно образуются фамилии с суффиксом -ин (Прончин), а не -ихин. Прозвищная версия с глаголом «прончить» выглядит убедительнее, поскольку она объясняет необычную словообразовательную форму и подтверждается диалектной лексикой. Фамилия Прончихин — редкий пример того, как прозвище бойкой женщины закрепилось в родовом имени и дожило до наших дней.