Фамилия Пронягина — женская форма фамилии Пронягин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит прозвище или имя Проняга, которое, скорее всего, образовано от уменьшительной формы крестильного имени Прокопий (в просторечии — Прокофий, Проня). В русских говорах имя Проня было очень распространено: так называли не только Прокопия, но и, реже, Прохора или даже Прова. Суффикс -агин в фамилии — нечастый, но показательный: он встречается в прозвищах, образованных от личных имён с экспрессивным оттенком (ср. Боряга, Коляга). То есть Проняга — это не просто Проня, а Проня с оттенком фамильярности или ласки.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с глаголом «пронять» (пронять, пронять — в смысле «пробрать»). В этом случае Пронягой могли прозвать человека проницательного, пронырливого или того, кто «пронял» собеседника словом. Однако ономасты, такие как Б. Унбегаун, чаще указывают на антропонимический, а не на глагольный корень в подобных фамилиях. Фамилия Пронягин (и Пронягина) фиксируется преимущественно в центральных и поволжских регионах России, что совпадает с ареалом бытования имени Проня.

В крестьянской среде фамилия могла закрепиться за потомками человека по прозвищу Проняга, а в мещанской или купеческой — как патроним, образованный от имени отца. Сословной элитарности фамилия не несёт: суффикс -агин характерен скорее для простонародной ономастики, чем для дворянской. Таким образом, носительница фамилии Пронягина может считать своим предком человека, которого в быту звали Пронягой — скорее всего, Прокопия или Прохора, выделявшегося характером или происхождением.