Фамилия Прошакин образована от имени или прозвища Прошака — а это, в свою очередь, уменьшительная форма от Прохор. В основе лежит крестильное имя Прохор (греч. Prochoros — «запевающий, предводитель хора»). Усечение и добавление суффикса -ак-/-як- — типичный для русских говоров способ создать обиходное, бытовое имя. Так из Прохора получился Проша, а из Проши — Прошака, то есть «маленький Прохор» или просто свой, домашний человек. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Прошакин буквально значит «сын Прошаки» или «из семьи Прошаки».

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала основа имени усекается и получает экспрессивный суффикс -ак- (как в именах Тимоха — Тимака, Митроха — Митряка), а затем к этой основе добавляется стандартный притяжательный суффикс -ин. Такая цепочка встречается реже, чем прямое образование от Прошин или Прохоров, поэтому фамилия Прошакин заметно выделяется на фоне однокоренных.

Географически фамилия тяготеет к северо-восточным и центральным регионам России — Вологодской, Костромской, Кировской областям. В этих краях имя Прохор было популярно в крестьянской среде, а суффикс -ак- в именах и прозвищах употреблялся особенно часто. Встречается и вариант с ударением на последний слог — Прошаки́н, что тоже характерно для говоров северного наречия.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается в числе самых распространённых, но это не редкость: она относится к группе «нестандартных» отчеств на -ин, где основа не оканчивается на -а/-я в чистом виде, а образована через промежуточный суффикс. Для этимолога Прошакин — хороший пример того, как живая народная речь перерабатывает книжное церковное имя в домашнюю кличку, которая затем закрепляется в качестве фамильного прозвания.