Фамилия Прошутина — женская форма фамилии Прошутин. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Прошута. Такие имена на -ута (Прошута, Мишута, Ванюта) были распространены в древнерусской среде и образовывались от более коротких форм: Проша, Прошка — уменьшительные от Прохор или Прокопий. Суффикс -ут- придавал имени ласкательный или просторечный оттенок, и такие прозвища нередко закреплялись за человеком на всю жизнь.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе Прошут- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Прошутин, то есть сын Прошуты. Женская форма Прошутина — это «жена или дочь Прошутина». В документах XVII–XVIII веков фамилии с суффиксом -ин чаще всего встречались в северных и центральных регионах России, а также на Урале, где активно шёл учёт крестьянского и посадского населения.

География фамилии сегодня неравномерна. По данным открытых телефонных справочников и социальных сетей, носители фамилии Прошутины (и Прошутины) сосредоточены в основном в Тверской, Новгородской и Псковской областях, реже — в Сибири и на Урале. Это косвенно подтверждает, что прозвище Прошута могло бытовать именно в новгородских и псковских землях, где сохранялась архаичная система личных имён.

Иногда фамилию ошибочно связывают с глаголом «прошутить» (пошутить), но это народная этимология. Прозвища от глагола «шутить» давали по характеру: Шут, Шутило, Шутник. А Прошута — это именно имя-оберег или домашнее прозвище от крестильного имени, и суффикс -ут- здесь указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а не на действие.

Встречается и вариант написания с одной «т» — Прошутина, но это, скорее всего, результат упрощения при записи в паспортных столах XX века. Орфографически верной считается форма с двумя «т», так как в основе стоит Прошута, а не Прошута с одним «т».