Фамилия Протонина ведет свое начало от имени Протоня, которое является уменьшительной формы канонического мужского имени Протас (Протасий). В переводе с греческого языка оно означает «стоящий впереди». Одним из покровителей этого имени считается святой мученик Протасий, который вместе со своим братом Гервасием пострадал в Милане в время гонений императора Нерона. Скорее всего, основатель рода Протониных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, которого звали Протоня, со временем получил фамилию Протонина. Фамилия Протонины встречается в различных исторических документах. Так, в Книге памяти Павлодарской области упоминается заведующий Протонин Митрофан Кондратьевич, родившийся в 1905 году в селе Мишнево Калужской губернии.