Фамилия Протопопенко — яркий пример украинской фамилии, образованной от названия церковной должности. Её основа — слово «протопоп», устаревшее название протоиерея, то есть старшего священника. В иерархии Русской православной церкви протопоп был выше обычного попа и часто служил в крупных соборах или при дворе. Суффикс «-енко» — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Протопопенко — это «сын протопопа», и фамилия указывает на происхождение от человека, занимавшего эту должность.

Модель образования фамилии — типичная для украинского ономастикона: основа (название должности или ремесла) плюс суффикс «-енко». Похожие фамилии — Попенко, Дьяченко, Пономаренко, Коваленко. Все они говорят о роде занятий предка. В отличие от русских фамилий на «-ов» (Протопопов), украинские на «-енко» подчёркивают не принадлежность к роду, а прямую связь с отцом: «чей сын».

Интересно, что фамилия Протопопенко могла возникнуть не только у прямых потомков священника. В условиях крепостного права и сословных ограничений дети духовенства часто наследовали статус отца, но если сын протопопа уходил в крестьяне или казаки, прозвище «Протопопенко» закреплялось за ним или его семьёй как напоминание о происхождении. В переписях XVII–XVIII веков на Левобережной Украине такие фамилии фиксировались именно как уличные прозвища, а не официальные родовые имена.

Географически фамилия распространена в основном на территории современной Украины, особенно в центральных и северных областях — Черниговской, Полтавской, Киевской. Встречается и в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XIX веке. Есть редкий вариант с двойным ударением — Протопопенко́ (с ударением на последний слог), что характерно для некоторых говоров. Споров о происхождении фамилии почти нет: корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на украинскую модель. Альтернативная версия — что фамилия могла быть дана человеку, который служил у протопопа, а не был его сыном, — маловероятна, так как для обозначения слуги использовались другие форманты, например «-ский» (Протопопский).