Фамилия Протопоп — одна из тех, что прямо указывает на церковную должность предка. В её основе лежит слово «протопоп», устаревшее название протоиерея, то есть старшего священника в соборе или благочинии. В отличие от фамилий вроде Попов, которые могли дать любому потомку священника, Протопоп указывает на более высокий ранг: предок был не просто попом, а главным, первым среди священников.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа «протопоп» — и нулевой суффикс. Фактически это прозвище, перешедшее в фамилию без дополнительного оформления патронимическим суффиксом -ов или -ин. Такая модель встречается реже, чем массовые Попов или Протопопов, но она характерна для прозвищ, которые уже воспринимались как фамилии в XVI–XVII веках, особенно на севере и в центральной России. В некоторых говорах фамилия могла закрепиться в форме Протопопов, но вариант без суффикса — не описка, а самостоятельная модель, фиксируемая в старых переписных книгах.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не только у потомков самого протопопа. Иногда так называли человека, который служил у протопопа — например, пономаря или дьячка, — или же того, кто выделялся властностью и важностью, как протопоп. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» этот тип отнесён к группе «церковных» фамилий, но без указания на обязательное духовное сословие носителя: крестьяне и горожане тоже могли получить такое прозвище по сходству или по месту службы.

С географией фамилии всё неоднозначно. Встречается она повсеместно, но заметно чаще — в регионах с сильным влиянием старообрядчества. У старообрядцев протопоп Аввакум — культовая фигура, и фамилия Протопоп могла закрепиться как память о нём или как прозвище приверженца «древлего благочестия». В Сибири и на Урале, куда бежали староверы, эта фамилия встречается до сих пор заметно чаще, чем в центральных областях.

Есть и спорный момент. Некоторые исследователи связывают фамилию с греческим «протос» (первый) и «папас» (отец), что логично, но никакой альтернативной славянской этимологии у неё нет — это калька с греческого, усвоенная русским языком. Версия о том, что фамилия могла произойти от прозвища «Протопка» (уменьшительное от Прокофий), несостоятельна: звуковой ряд и ударение в корне разные, и в документах такая замена не фиксируется. Так что церковное происхождение — единственное достоверное.