Фамилия Протопопова напрямую связана с церковной иерархией. В основе лежит слово «протопоп» — так в народе называли протоиерея, то есть священника высшего чина. Это первая и главная версия происхождения, и она же — самая правдоподобная.

Протопопы в уездах и губерниях занимали видное место: они председательствовали в Духовных правлениях, исполняли обязанности благочинных. Епархиальное начальство доверяло им особые поручения, касающиеся как церковных дел, так и исполнения общих правительственных распоряжений. Проще говоря, это были не просто священники, а администраторы и доверенные лица церкви на местах.

Скорее всего, предок носительницы этой фамилии и был таким протопопом. В народе его могли называть Протопопом — по должности, как прозвище. А уже потомок человека с таким прозвищем получил фамилию Протопопова. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность, то есть «дочь (или жена) Протопопа».

Любопытно, что фамилия эта — не редкая, но и не чрезмерно частая. Она встречается в разных регионах России, но везде, где была развита церковная жизнь. В отличие от фамилий, образованных от мирских имён или ремёсел, Протопопова сразу выдаёт социальный контекст: предки были людьми духовного звания, а не крестьянами или купцами. Хотя, конечно, со временем потомки протопопов могли переходить в другие сословия, но память о корнях осталась в фамилии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Попов, Попова, Протопопов, — то Протопопова стоит особняком: она не просто указывает на священника, а подчёркивает его высокий чин. Попов мог быть потомком любого попа, а вот Протопопов — именно потомком протоиерея. Это различие в оттенке значения сохранилось и в фамилии.