Фамилия Протопопов напрямую связана с церковной иерархией допетровской Руси. В основе лежит слово «протопоп» — так в народе называли протоиерея, то есть священника высшего чина, настоятеля соборного храма. Предок, носивший прозвище Протопоп, скорее всего, действительно имел этот сан. Потомок такого человека со временем получил фамилию Протопопов, отвечающую на вопрос «чей ты будешь?» — из рода протопопа.

Интересно, что слово «протопоп» — это не чисто русское образование, а калька с греческого «протос иерей» (первый священник). В XVII веке протопопы играли заметную роль не только в богослужении, но и в общественной жизни: они надзирали за поведением других священников, следили за исполнением церковных уставов. Самым известным протопопом в истории остался Аввакум, лидер старообрядчества, но фамилия, вопреки стереотипу, не обязательно указывает на связь с расколом — её носили и представители официальной церкви.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к прозвищу отца, образуя притяжательное прилагательное. Так из мирского прозвища Протопоп возникла фамилия, которая закрепилась за детьми и внуками. Поскольку сан протопопа был достаточно высоким и заметным, прозвище легко прилипало к человеку и не требовало дополнительных пояснений — все в округе знали, о ком речь.

В отличие от многих фамилий, образованных от церковных терминов (Попов, Дьяконов, Пономарёв), Протопопов встречается заметно реже. Это логично: протопопов в каждом уезде было немного, а вот рядовых попов — десятки. Поэтому фамилия сохранила оттенок социальной исключительности: её носители происходят из семей, где предок поднялся на верхнюю ступень приходского духовенства.

Стоит добавить, что в некоторых говорах прозвище Протопоп могли дать не самому священнику, а его сыну или даже человеку, который вёл себя важно и надменно, «как протопоп». Но эта версия вторична. Основной и наиболее правдоподобной остаётся прямая связь с саном: фамилия фиксирует факт биографии предка, а не его характер.