Фамилия Прусе — редкий случай, когда географическое прозвище почти не изменило форму. В отличие от тысяч фамилий на -ов или -ин, она сохранила исходное звучание, что сразу указывает на её позднее происхождение и, скорее всего, нерусскую среду бытования.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Прус — так в старину называли выходца из Пруссии. В XVI–XVII веках на Руси прусами именовали не только жителей исторической Пруссии, но и вообще немцев, пленных или переселенцев с запада. В документах встречаются прозвища Прус, Прусин, Прусаков. Фамилия Прусе — это, по сути, застывшая форма прозвища без добавления типичных русских суффиксов. Такая модель характерна для украинской, белорусской или польской традиции, где фамилии на -е не редкость (сравните: Гусе, Ковале). Если ваш предок носил фамилию Прусе, он с большой вероятностью жил на западе современной России, в Беларуси или на Украине — в зоне контакта с польским и литовским влиянием.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с древнерусским именем Прус. Летописи упоминают Пруса как легендарного брата Рюрика, но на практике это имя могло быть просто личным прозвищем, данным за упрямство или сходство с иноземцем. Однако в этом случае мы бы ожидали фамилию Прусин или Прусов, а не Прусе.

Есть и совсем бытовая гипотеза: фамилия могла возникнуть от профессии или особенности речи. В некоторых говорах «прусом» называли сверчка (по звуку «пр-р-р»), а в псковских и тверских диалектах — человека с дефектом речи, который «прусит», то есть шепелявит. Но эта версия держится на местных словарях XIX века и не подкреплена массовыми данными по фамилии.

С фамилией Прусе не связано ни одного известного дворянского рода — это фамилия крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях она встречается в основном в западных губерниях: Гродненской, Виленской, Могилёвской. После 1917 года носители разъехались, но и сегодня Прусе — фамилия крайне редкая. В современной России её можно встретить единично, чаще — в Беларуси и Литве.

Итог простой: фамилия Прусе — это прозвище, данное предку за его происхождение из Пруссии или за сходство с немцем. Форма без суффикса выдаёт западное происхождение рода.