Фамилия Пугачув — редкий случай, когда написание расходится с произношением и с привычной моделью. На слух она почти неотличима от Пугачёв, но буква «у» после «ч» вместо «ё» — это либо ошибка писаря, закрепившаяся в документах, либо сознательная адаптация фамилии в регионе, где «ч» произносили твёрдо (например, в некоторых южнорусских говорах «Пугачов» писали как слышали). В любом случае, основа у обеих фамилий одна — прозвище Пугач.

Пугачом в старину называли филина или сову, а в переносном смысле — нелюдимого, угрюмого человека, который «пугает» своим видом. Реже прозвище давали крикливому, вздорному человеку, который всех распугивает. В словаре В. Даля «пугач» — это также пугало на огороде, но, скорее всего, фамилия пошла от птицы или от поведенческой черты. Суффикс «-ув» вместо ожидаемого «-ёв» или «-ев» объясняется просто: в русской ономастике фамилии на «-ув» крайне редки (в отличие от украинских на «-ук», «-юк»), и здесь мы видим, скорее всего, искажение при записи. Писарь мог написать «Пугачув» под влиянием местного говора, где после шипящих писали «у» вместо «ю» или «ё».

Географически фамилия Пугачув встречается спорадически, в основном в центральных и южных областях России, но крайне редко. В переписных книгах XVII–XVIII веков она почти не фиксируется; вероятно, это поздняя метрическая запись, возникшая в XIX веке. В отличие от Пугачёвых, которые разошлись широко (в том числе благодаря известному бунтарю), Пугачувы — это локальная ветвь, сохранившая форму написания, которую ономасты относят к «орфографическим вариантам» одной и той же фамилии.

Если ваши предки носили фамилию Пугачув, то, скорее всего, они происходили из крестьянской или мещанской среды, где грамотность была низкой, а фамилии записывали на слух. Прозвище Пугач могло закрепиться за родоначальником, который либо держал филина (редкое занятие), либо слыл человеком нелюдимым и суровым. Никакой связи с Емельяном Пугачёвым здесь нет: фамилия образована от нарицательного слова, а не от имени исторической личности.