Фамилия Пугин образована от прозвища Пуга. Основа здесь — украинское слово «пуга», которое означает «прикрепленная к древку веревка или ремешок, которым погоняют животных; кнут», а также «пугач». Отсюда первый и самый прямой смысл: Пугой могли называть погонщика скота или пастуха — человека, чья работа напрямую связана с этим орудием.

Но прозвище могло закрепиться и по другой логике. Пугой могли окликнуть того, кто пугал окружающих — поведением, резким голосом, необычной внешностью. Либо наоборот, человека робкого и несмешливого, который всего сторонился. Такая двойственность типична для народных прозвищ: они часто фиксировали не объективное свойство, а то, как человека воспринимали соседи.

Интересно, что у слова «пуга» были и совсем другие, местные значения. В южных говорах так называли гузку яйца, тупик, пятку. В сибирских диалектах — подушку, на которой плетут кружева. Эти значения вряд ли стали основой для прозвища, но они показывают, насколько разветвлённым был смысловой куст, из которого выросла фамилия. Скорее всего, предок носителей фамилии получил прозвище всё же по первой, «пастушеской» версии — она самая распространённая и логичная.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пугин буквально значит «сын Пуги», «тот, кто из рода Пуги». По такой модели в русских фамилиях образовано множество имён от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а или -я. Потомок человека по прозвищу Пуга со временем и получил фамилию Пугин.

Отдельного внимания заслуживает связь с глаголом «пугать». Здесь прозвище могло быть не описательным, а охранительным: в традиционной культуре ребёнку иногда давали «страшное» прозвище, чтобы отвести от него беду или сглаз. В этом случае Пуга — не отражение характера, а оберег. Эта версия менее очевидна, но имеет право на существование, особенно если учесть, что прозвища часто жили в семье дольше, чем помнили причину их появления.