Фамилия Пугин образована от прозвища Пуга. Оно восходит к украинскому слову «пуга» - «прикрепленная к древку веревка или ремешок, которым погоняют животных; кнут», «пугач». Таким образом, Пугой могли называть погонщика скота, пастуха. Однако это прозвище мог получить и человек, чем-либо пугавший окружающих (своим поведением, внешним видом и т.д.), либо наоборот, робкий и несмелый. Кроме того, пугой в южных говорах называли гузку яйца, тупик, пятку, а в сибирских - подушку, на которой плетут кружева. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пуга, со временем получил фамилию Пугин.