Фамилия Пукенко — яркий пример восточнославянской модели образования с суффиксом -енко. Этот суффикс особенно характерен для украинской ономастики: он означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Таким образом, Пукенко — это буквально «сын Пука» или «потомок человека по прозвищу Пук».

Корень «пук-» в славянских языках многозначен, и здесь возможны две основные версии. Первая — прозвище от глагола «пукать» (ударять, хлопать, стрелять) или существительного «пук» (сноп, пучок, связка). В таком случае прозвище Пук мог получить человек, который вязал снопы, работал с соломой или, в переносном смысле, был шумным, резким в движениях. Вторая версия — связь с диалектным «пук» (набухший, вздутый), что могло указывать на внешность или характер — например, полного или вспыльчивого человека.

С географической точки зрения фамилия Пукенко почти наверняка имеет украинские корни. Суффикс -енко массово закрепился на территории Поднепровья, Слобожанщины и Левобережной Украины. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о локальном происхождении: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл. В России фамилия могла появиться в результате миграции малороссийских крестьян или казаков в XVIII–XIX веках, особенно на Кубань и в южные губернии.

Интересно, что фамилия Пукенко не имеет очевидных параллелей с распространёнными основами вроде «Петр-» или «Иван-». Это указывает на то, что прозвище Пук было не календарным именем, а именно бытовым, уличным — таким, которое давали окружающие по характерной черте. В сословном отношении предки Пукенко, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как фамилии на -енко в дворянской среде встречаются редко.

Сравните с однокоренными: Пуков, Пукалов, Пуклицкий — все они отталкиваются от того же звукоподражательного или предметного корня, но Пукенко выделяется именно уменьшительно-патронимическим суффиксом, который жёстко привязывает фамилию к украинской традиции именования.