Фамилия Пунтя — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия и не географическое название, а прозвище по физической или поведенческой черте. Её происхождение прозрачнее, чем кажется на первый взгляд, хотя и не обходится без словарного сюрприза.

Корень «пунт-» в русских говорах имел два значения. Первое — «пунтя» или «пунтик»: так в некоторых областях (особенно в южнорусских и украинских диалектах) называли человека с большим, выдающимся животом, толстяка. Слово образовано от глагола «пунеть» — пухнуть, раздуваться. Второе значение — «пунтя» как вялый, медлительный, «надутый» человек, который ходит с недовольным видом. Оба варианта легко ложились в основу прозвища, которое потом закрепилось за потомками.

Модель образования — безсуффиксная, по типу «прозвище → фамилия». Окончание -я указывает на разговорную, уменьшительно-пренебрежительную форму. Такие фамилии обычно не имеют суффикса -ов или -ин, потому что застыли в исходной прозвищной форме. Встречаются они преимущественно в западных и южных регионах России, а также на Украине, где диалектная лексика лучше сохранилась.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Пунтиус или Пунт (редкое календарное имя, встречавшееся у католических народов). Однако для русской традиции это нетипично: фамилии на -я от латинских имён почти не образовывались. Поэтому диалектное прозвище остаётся основным объяснением.

По социальному происхождению Пунтя — скорее всего крестьянская или мещанская фамилия, без дворянских корней. В дореволюционных переписях она не фиксируется как родовая у знати, что тоже косвенно подтверждает её «прозвищное» происхождение из народной среды.