Фамилия Пупкинидзе — случай, когда внешняя форма обманчива. На слух она звучит как типичная грузинская фамилия с суффиксом -идзе, который в Грузии указывает на происхождение от отца («сын такого-то»). Однако основа «Пупкин» выдаёт в ней русский след. Скорее всего, перед нами пример русификации грузинской фамилии или, что вероятнее, её обратного образования: русскую фамилию Пупкин «огрузинили», добавив характерный грузинский патронимический суффикс. Такое случалось в XIX–XX веках при смешанных браках, смене документов или, реже, из-за желания придать фамилии «благородное» звучание.

Корень «пупк-» восходит к слову «пупок» — уменьшительной форме от «пуп». В русских прозвищах Пуп, Пупок, Пупкин обычно давали либо полноватому человеку с заметным животом, либо младенцу (по пуповине), либо, по версии ономаста Б. Унбегауна, человеку, который был младшим, «пупом» семьи (как «пуп земли» — центр, но в ироничном смысле). Встречались и прозвища по профессии: пупником могли называть знахаря, правящего пупочную грыжу, или резчика по дереву (от «пуп» — древесный нарост).

Грузинский суффикс -идзе (в отличие от -швили, означающего «дитя», или -дзе, просто «сын») исторически указывал на принадлежность к знатному или священническому роду, но к XIX веку он стал массовым. В случае Пупкинидзе он не несёт сословной нагрузки — это поздний, почти игровой элемент. Географически фамилия редкая, встречается спорадически, чаще в городской среде, где русские и грузинские фамилии смешивались.

Аналогов в Грузии у этой фамилии нет. Однокоренные русские фамилии — Пупков, Пупов, Пупкин — куда более распространены. Пупкинидзе стоит в ряду искусственных гибридов вроде Иванидзе или Петридзе, которые подчёркивают не столько кровное родство, сколько культурный контакт двух традиций. Для носителя фамилии это, скорее всего, история о том, как в начале XX века кто-то из предков сменил Пупкина на Пупкинидзе — или наоборот, русский чиновник переделал грузинскую фамилию на русский лад.