Фамилия Пупкинор на первый взгляд кажется иноязычной, но её корень — чисто русский, а необычное окончание выбивается из привычного ряда. Это редкий случай, когда к русской основе прикрепился нерусский суффиксальный элемент, что делает фамилию уникальной с точки зрения словообразования.

Основа фамилии — «пупкин», которая восходит к прозвищу Пупка. В русской ономастике «пуп» и его производные (Пупок, Пупко, Пупкин) имели несколько значений. Самое прямое — человек с заметным, выпуклым животом, «пузатый». Однако в диалектах слово «пуп» могло означать «возвышенность», «холм» или «центр чего-либо» («пуп земли»). Прозвище Пупка могли дать и ребёнку, и невысокому плотному мужчине, и тому, кто жил на пригорке.

Ключевая загадка — суффикс «-ор». В русских фамилиях он не встречается. Вероятнее всего, это результат поздней адаптации. Фамилия могла возникнуть в среде, где смешивались русские и, например, немецкие или польские традиции оформления фамилий. Суффикс «-ор» (как в немецких фамилиях типа Мюллер, Шнайдер) мог быть прибавлен к русскому корню при записи фамилии в документы чиновником-инородцем или самим носителем, желавшим «облагородить» звучание. Менее вероятно, но возможно, что это искажённое окончание «-ов» (Пупкинов → Пупкинор) под влиянием местного говора.

Географически фамилия почти не встречается. Она не фиксируется в массовых списках русских фамилий, что говорит о её единичном, возможно, случайном происхождении. Носители могли быть крестьянами или мещанами из западных или северо-западных губерний Российской империи, где контакты с немецкими или прибалтийскими фамильными моделями были сильнее. Сословной принадлежности по такой редкой фамилии не установить — её мог получить как вольный человек, так и бывший крепостной, чью фамилию придумал помещик.

Таким образом, Пупкинор — это «гибридная» фамилия: русское прозвище с иноязычным «фасадным» окончанием. Предок, скорее всего, был человеком плотного телосложения или жил на возвышенности, а необычное окончание — след канцелярской или бытовой трансформации XIX века.