Фамилия Пупус — редкий случай, когда основа настолько необычна, что сразу вызывает вопросы. В русской ономастике нет устоявшейся фамилии с таким корнем, и это главная подсказка: перед нами, скорее всего, не исконно русская, а заимствованная или искусственно созданная фамилия. Если отбросить случайные опечатки и единичные записи, есть две основные версии её происхождения.

Первая и самая вероятная — фамилия восходит к румынскому или молдавскому слову «pupăză» (удод, птица). В молдавской среде фамилии на -ус, -ес, -аш встречаются часто (Попеску, Пупэзэ). Пупус могло быть прозвищем человека, похожего на удода — возможно, за яркую внешность, суетливость или характерный голос. Суффикс -ус в этом случае — не русский, а румынский уменьшительный или патронимический элемент. Географически такая фамилия могла закрепиться у молдаван, гагаузов или бессарабских болгар, а затем попасть в русские метрики через переселения XIX века.

Вторая версия — фамилия образована от латинского корня «pupus» (мальчик, дитя), который встречается в романских языках. В этом случае Пупус могло быть семинаристской фамилией, данной в духовных училищах. Такая практика была распространена в Российской империи: ученикам давали фамилии на латинской или греческой основе, часто с оттенком иронии или книжности. Пупус в этом контексте — «малыш», «младенец», что могло быть прозвищем самого юного или невысокого студента.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия бессуффиксная, оформлена по типу русских фамилий как застывшая основа. Окончание -ус в русском языке нехарактерно для фамилий, поэтому её часто склоняют как мужскую фамилию на согласный (Пупус — Пупуса — Пупусу) или как неизменяемую, если носитель — женщина. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не фиксируется в массовых базах данных русских фамилий XIX века, что подтверждает её неисконный или поздний характер.

Если ваши предки носили фамилию Пупус, стоит искать корни в Бессарабской губернии, на юге Украины или в среде молдавских переселенцев. В русской среде до XX века такая фамилия практически не встречалась.