Фамилия Пустозеров напрямую связана с историей освоения Русского Севера. Её основа — прозвище Пустозер, которое давали человеку, родившемуся или долго жившему в Пустозерске, первом русском городе за Полярным кругом. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Пустозеров буквально означает «сын Пустозера», «потомок человека из Пустозерска».

Сам топоним происходит от названия озера Пустое, на мысу которого в 1499 году воеводы Петр Ушатый и Семен Курбский по указу Ивана III заложили острог. Озеро называли пустым не случайно: в нем не водилась семга, в отличие от богатых печорских вод. Это практичное, хозяйское именование легло в основу названия поселения, а затем и фамилии.

Пустозерский острог в XVI–XVII веках был не просто административным центром северо-восточного Поморья, а ключевым перевалочным пунктом. Через него шли пути вверх по Печоре, к Оби и далее в Сибирь. Край славился пушниной, и через Пустозерск велась активная торговля мехами. Здесь жили служилые люди, воеводы, а также рыбаки, охотники на морского зверя и купцы. Одновременно город служил местом ссылки: в Пустозерской тюрьме провел последние годы протопоп Аввакум, здесь отбывали наказание боярин Артамон Матвеев с сыном Андреем, князья Семен Щербатов и Иван Долгорукий, а также Сергей Алексеевич Пушкин, дальний родственник поэта. Поэтому прозвище Пустозер мог получить и служилый человек, и ссыльный, и торговец — любой, кого судьба занесла в этот суровый край.

Упадок города начался, когда открылись более удобные южные пути в Сибирь через Урал. Торговая дорога по Печоре и северным морям потеряла значение, а рукав реки, на котором стоял Пустозерск, постепенно занесло песком. В 1924 году город лишился статуса, в 1928 — последних административных функций, а в 1962 году его окончательно покинули. Последней жительницей была Аграфена Андроновна Кожевина. Но память о городе осталась в фамилии.

В Книге памяти Курганской области упоминается плотник Алексей Яковлевич Пустозеров, родившийся в 1877 году в деревне Лаптева Курганского района. Этот пример показывает, как далеко от Печоры разошлись потомки тех, кого когда-то называли по месту их северной родины. Фамилия, таким образом, хранит память о конкретном географическом пункте, который сыграл заметную роль в истории России, но сегодня фактически исчез с карты.