Фамилия Пустынский происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Пустынский, вероятно, восходит к топониму Пустынь - такое название имеют множество сел и деревень в России (в частности, в Нижегородской области). Скорее всего, основатель фамилии Пустынский был уроженцем одного из этих селений. Сам топоним Пустынь ведет свое начало от аналогичного нарицательного. Пустынью первоначально называлось уединенное место, где живет отшельник, позже - монастырь, возникший в безлюдной местности. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пустынский, со временем получил фамилию Пустынский. О точном месте и времени возникновения фамилии Пустынский в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пустынский представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.