Фамилия Пустынцева образована от прозвища Пустынец. Скорее всего, оно означает "житель пустыни". Пустынью первоначально называлось уединенное место, где живет отшельник, позже - монастырь, возникший в безлюдной местности. Возможно, Пустынцем прозвали отшельника, того, кто по религиозным соображениям удалился от людей. Кроме того, не исключено, что Пустынцем прозвали малообщительного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустынец, со временем получил фамилию Пустынцева.