Фамилия Путиненко — редкий случай, когда разбор суффикса оказывается ключом к её происхождению. Вопреки возможным ассоциациям, она не имеет отношения к глаголу «путать» или к слову «путь». Её основа — украинская модель образования фамилий с суффиксом -енко, который в XVII–XIX веках активно использовался на Левобережной и Степной Украине для обозначения потомка или мастера. Суффикс -енко в данном случае присоединён к основе «Путин», что сразу указывает на отчество или прозвище отца.

Корень «Пут-» чаще всего восходит к украинскому или южнорусскому прозвищу «Путь», «Путо» или к имени Пута (уменьшительное от Путимир, Путислав — древнерусских имён с основой «путь»). В польском влиянии встречается вариант «Пута» как прозвище медлительного человека. Однако более правдоподобна версия, что Путиненко — это «сын Путина», где Путин — отчество от имени Пута или от прозвища, данного по месту жительства (путь — дорога, перекрёсток). В украинской ономастике фамилии на -енко от имён на -а/-я (Пута → Путин → Путиненко) — частая модель, аналогичная Бондаренко от Бондарь.

Географически фамилия Путиненко почти не встречается за пределами Украины и южных областей России. В метрических книгах XIX века её носители фиксировались в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях. Сословно это были преимущественно казаки или крестьяне — в этих регионах фамилии на -енко закрепились именно за этими слоями, в отличие от дворянских фамилий на -ский.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Путин (с ударением на первый слог), Путиненко сохраняет ударение на второй слог — «Пути́ненко», что типично для украинских фамилий с суффиксом -енко. Это исключает путаницу с известной фамилией президента, которая образована от другого корня (путь) и имеет другую модель. Таким образом, предки Путиненко — скорее всего, украинские крестьяне или казаки, чей родоначальник носил прозвище Пута или Путин, возможно, связанное с дорогой, путём или характером.