Фамилия Путненко — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской или белорусской модели. Суффикс -енко (вместо русского -ов/-ев) указывает на происхождение с территории современной Украины, реже — юга Беларуси. В XVI–XVIII веках суффикс -енко означал «маленький», «сын» или «потомок»: Путненко — буквально «сын Путного» или «маленький Путной».

Основа Путн- — это, скорее всего, усечённая форма от прозвища Путный, Путня или имени Путята. Путята — древнерусское нецерковное имя, известное по летописям (например, воевода Путята Вышатич). Корень «пут» в древнерусском языке связан со словами «путь», «путный» (дорожный, странствующий). Прозвище Путный могли дать человеку, который много путешествовал, был проводником или жил у большой дороги. Альтернативная версия — связь с диалектным «путать» (путаный, неразборчивый), но она менее вероятна, так как суффикс -енко обычно присоединяли к основе без дополнительного «т» (ср. Путя → Путенко).

Фамилия Путненко редкая, не входит в сотни самых распространённых. По данным современных переписей, её носители чаще всего встречаются в восточных и центральных областях Украины (Полтавская, Сумская, Черкасская), а также в смежных регионах России (Белгородская, Курская области) — там, где исторически смешивались украинские и русские фамильные традиции. В XIX веке Путненко могли быть крестьянами или казаками: суффикс -енко характерен для казачьих фамилий, особенно на Левобережье.

Сравните с однокоренными фамилиями: Путята, Путенко, Путов, Путнин. Путненко отличается именно вставкой «н» между корнем и суффиксом — возможно, из-за того, что основой послугла не полная форма Путя, а краткая Путня (от «путний» — дорожный). Такая модель (корень + -н- + -енко) встречается в украинских фамилиях реже, чем простая (Путенко), что делает Путненко более локальным вариантом.