Фамилия Путнина — это женская форма, а её мужской вариант — Путнин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — «Путн(я)» или «Путн(а)». Сразу бросается в глаза редкий и неочевидный корень. Здесь нет прямого родства с «путём» или «путать», хотя народная этимология иногда подводит к этим словам. На деле, скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища или имени Путня.

Прозвище Путня могло возникнуть от диалектного глагола «путнить» — в некоторых говорах это означало «мешать, сбивать с толку, путать». Человека, который вечно вносил неразбериху или сам был нерасторопен, могли прозвать Путней. Отчество от такого прозвища и дало фамилию Путнин: «чей?» — Путнин, то есть сын Путни. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России, где подобные глагольные формы были в ходу.

Другая, менее вероятная гипотеза — связь с каноническим именем Путята. Путята — это древнерусское, ещё дохристианское имя, известное по летописям (например, воевода Путята). Суффикс -ята в имени уменьшительно-ласкательный, а от него могли произвести форму Путня. Но тогда фамилия скорее звучала бы как Путятин, а не Путнин. Поэтому версия с прозвищем надёжнее.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Путнин в XIX веке в основном были крестьянами и мещанами. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — её носители жили в сёлах Владимирской, Костромской, Нижегородской губерний. Встречается она нечасто, что делает её своеобразным маркером: если вы Путнина, ваши предки, скорее всего, происходят из одного из этих регионов и носили прозвище, связанное с характером или поведением, а не с профессией.