Фамилия Путнева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Путнев, в русской антропонимии встречается нечасто. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на корень «пут-», который сразу наводит на мысль о слове «путь», а на суффиксальную модель. Фамилия образована с помощью суффикса -ев, который в восточнославянской традиции крепится к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. Значит, исходное прозвище или имя звучало как Путень.

Самая прямая версия: Путень — это производное от слова «путь» с уменьшительным или прозвищным суффиксом -ень. В старину так могли назвать человека, связанного с дорогой: странника, купца, возчика, а то и просто того, кто часто и далеко ходил. В русских говорах «путень» встречается в значении «пешеход» или «бродяга», хотя слово это не было широко распространённым. В таком случае фамилия из разряда прозвищных, указывающих на род занятий или образ жизни предка.

Есть и другая, менее очевидная версия. В ономастике известна фамилия Путнев, которую выводят от канонического имени Путята. Путята — это древнерусская уменьшительная форма от имени Путислав или от языческого имени Путь, которое фиксируется в новгородских берестяных грамотах. Если предположить, что в основе лежит Путята, то переход в Путнев произошёл через промежуточную форму Путеня (с заменой -ят- на -ен- под влиянием народной этимологии). Такие фонетические сдвиги в фамилиях не редкость, но для фамилии Путнев эта версия слабее: суффикс -ев прямо указывает на основу Путень, а не на Путята.

Географически фамилия Путнев (и Путнева) тяготеет к центральным и южнорусским областям, встречается в Тамбовской, Рязанской, Воронежской губерниях. В дореволюционных переписях носители этой фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, что подтверждает её прозвищное, а не боярское происхождение. Таким образом, наиболее вероятно, что предок нынешних Путневых получил прозвище Путень за то, что много ходил пешком или промышлял извозом — простую и понятную историю, скрытую за необычным окончанием.